Nació en Kyushu, el 12 de enero de 1967. Durante su vida estudiantil practicó el baloncesto, que luego se convertiría en uno de los temas principales de su obra. Su obra se caracteriza por la gran claridad y realismo de su dibujo, que refleja de modo fiel las proporciones del cuerpo. Su primer éxito como autor fue la conquista del prestigioso Tezuka Show, gracias a su obra Kaede Purple, centrada en el baloncesto. A continuación trabajó por unos meses como asistente de Tsukasa Hojo, autor de City Hunter. Su primer gran éxito llegó con la publicación de Slam Dunk, a partir de 1990. Llegó a convertirse en el manga más vendido de la historia (título que le arrebató años después One Piece) y fue adaptado como anime con notable aceptación. Se trataba de una obra de gran calidad gráfica y que combinaba un tratamiento emotivo y realista del baloncesto con un sentido del humor desbordante que lo hizo muy popular. Tras 31 tomos de Slam Dunk, Inoue realizó una obra también centrada en el baloncesto, pero de un corte futurista, llamada Buzzer Beater. También realizó varias obras cortas, entre las que destaca Piercing. Sin embargo, no consiguió otro gran éxito hasta que comenzó a publicar Vagabond, una historia basada en la vida de Musashi Miyamoto, un guerrero legendario japonés, que sigue publicando actualmente. Alterna la publicación de esta obra con Real, centrada en el mundo del baloncesto en silla de ruedas. Actualmente Inoue es uno de los mangakas más importantes y respetados de la industria.

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